#2　超潜水艦、スクランブル！

海亀丸のデッキから博士と五郎が消えた海を見つめ、涙をこらえる進。だが波野に励まされ、その真相を突きつめる決意をする。しかし、進は海洋帝国が送り出した工作員に捕らわれ、地下工場の鍵を渡してしまう。その地下工場のドックにはスーパー99が眠っていた。