#1　深海調査艇（バチスカーフ）、消滅！

西暦20XX年。日本海溝付近では原因不明の海難事故が続いていた。事故へ関与していると思われる“海洋帝国”の謎を確かめるべく、政府から極秘の依頼を受けた“沖海洋研究所”所長の沖重造と副所長の沖五郎は、調査中に謎の潜水艦から攻撃を受け行方不明になってしまう。出発の直前、重造の孫であり五郎の弟でもある高校生の沖進は、二人からそれぞれ「99」と彫られた研究所の地下工場の鍵と“99式歩兵銃”を改良したライフルを渡されていた。