第1話　大いなる旅発ち

30世紀末、機械化人の侵略に破れ、一方的な講和条約を受け入れさせられた人類は、希望を失い、惨めな生活を強いられていた。そんなある日、地球連邦軍独立艦隊指令官ウォーリアス・ゼロは旧式艦カゲロウでの哨戒航行中、謎の海賊戦艦デスシャドウ号に遭遇する。圧倒的な戦力差にゼロは苦戦する…。