ef - a tale of melodies.

天才美少女の広野凪にいつも振り回されている火村夕は、ある日、雨宮優子と言う不思議な少女と出会う。優子は夕の事を知っているようだが、彼女の事は夕の記憶には無かった。優子は、夕に不可解な言葉を残して立ち去る。
一方、従兄妹の麻生蓮治の家に泊まりに来ている羽山ミズキは、美しいヴァイオリンの調べを耳にする。それは蓮治のお隣さんの音楽家、久瀬修一の奏でる演奏である。蓮治の母、麻生すみれは、休暇中のミズキの世話を久瀬に頼むのだが－－。

羽山ミズキは、いつも揺れる花を夢を見ていた。火村夕も、過去の忘れられない記憶の夢を見る。久瀬修一も、自分の運命の岐路となった夢を見ていた。夕と優子の関係に心穏やかでない広野凪を余所に、雨宮優子は夕の見る夢の事を語る。それは、夕にとっても意外な発言だった。
一方ミズキは、久瀬にある告白をするが－－。

美術部に誘われている火村夕は、雨宮優子が悩みを抱えている事を知る。夕がその事を広野凪と久瀬修一に相談をすると、事は思わぬ方向に向かい始める。
一方羽山ミズキは、行き違った久瀬を探して、音羽の街を散策していた。そこで新藤千尋に遭遇し、久瀬の秘密を知ってしまう。そして、ミズキと久瀬は思いがけない再会を果たすのだった。

病気で寝込んでしまった羽山ミズキ。見舞いに来た久瀬は、ミズキの「たすけて」といううわごとを聞いてしまう。
雨宮優子の買い物に付き合う事になる火村夕。二人は音羽の街を散策すると、教会に行き、遠い昔の事を思い出す。
一方、雨宮明良から、火村と優子のことを聞いた凪に、唐突な変化が現れるが－－。

久瀬に別れを告げられ、意気消沈する羽山ミズキが向かったのは無人駅。ミズキはそこに一人の少女を見つけるが、それは日本の音羽にいるはずの先輩・新藤景だった。
景はこの地に5年間溜めてきた宿題を片付けに来た、と言うのだが――。
一方、雨宮優子は教室でクラスメイトと揉め事を起こしていた。

スケッチブックを手に取り、また絵を描き始めた火村夕の姿が屋上にあった。その様子を楽しげに覗き込み、雨宮優子は微笑む。寄り添うように座る夕と優子の仲は、以前よりずっと縮まったかのように見えた。しかし、夕は久瀬修一から「優子ちゃんは嘘っぽい。何か隠してるんじゃないか？」と言われ――。

火村夕は雨宮優子の真実を知り、自責の念に駆られる。いつしか夕の足は、優子から渡されたナイフを手に雨宮明良の家に向かっていた。
一方、羽山ミズキは久瀬修一から「二度と俺の前に姿を現さないでくれ」と言われて落ち込んでいたが、新藤景の言葉を拠り所に久瀬の家に向かう。しかし、そこで待っていたものは――。

火村夕は雨宮明良から遠ざけるべく、雨宮優子を連れて音羽の街を離れる。二人で一からやり直そうとする夕だったが、そこへ明良が現れて――。
久瀬修一は羽山ミズキばかりか、火村夕や広野凪にも辛辣な言葉を投げかける。徐々に遠ざかっていく皆との距離。一人残された久瀬の目に浮かぶのは――。

雨宮優子は学校の屋上で、火村夕は一人のアパートで自問自答を繰り返していた。もっと早く気付いていれば――二人の気持ちが一つになった時、ある事件が起こる。
羽山ミズキは久瀬のヴァイオリン曲を口ずさんだ時、それが幼い頃に大切な人から教わった旋律と同じことに気付く。遠い過去の記憶とともに歌詞を思い起こすミズキ。
一方、久瀬修一は終わるのを待っていた。しかし、その胸の内にあるのは死への恐怖と孤独感。そんな時、久瀬の元に一通の手紙が届く。

美術室で広野凪をモデルに石膏の像のデッサンを仕上げる火村夕。絵は弟の紘の方が上手だと夕をちゃかす凪は、裸婦のデッサンならどうだとおもむろに自分の白衣に手をかけた。
その後、雨宮優子と教会を訪れた夕は、祭壇の陰にうずくまる１人の少女と出会う。

久瀬は一通の手紙を手にしていた。書かれている文字は“果たし状”。
この期に及んで自分を倒したいなどと思う者などいるのだろうか？そう思いながらも久瀬は手紙の差出人に会いたいと思っていた。

クリスマスが訪れようとしていた。
音羽学園ではホワイトクリスマスを楽しみ、教会には様々な人たちが訪れミサを受けようとしていた。そこに現れたのは……。