第4話　マタイによる福音書　神が結び合わせし者たち

第1話　ローマ使徒への手紙　復讐するは、我にあり

慎一と亜矢可の間に何かあると感じた富三郎は、彼女の秘密を暴くためジェイムズ博士の病院に乗り込んだ。そこで富三郎は、亜矢可が慎一をおびき寄せるために彼の万能細胞を植えつけられていたことを知る…！

第2話　マタイ伝　眠れる子供

バビル1世が残した「大いなる遺産」のことを知る浩一。そして同時に、自分がヨミと戦う運命であることを知る。浩一は次々に襲い掛かるヨミの手下達と戦いながら、自分の運命を受け入れていく…。

第3話　ヨブ記　主与えたまい、主取りたまう

恐竜人間たちに囚われてしまった亜矢可。彼女を救うべく、慎一と恐竜人間たちとの壮絶な闘いが始まった…!!

第4話　マタイによる福音書　神が結び合わせし者たち

亜矢可の安全のため、富三郎の故郷に身を隠す慎一たち。そこでその村に伝わる黄金像を目にする。その黄金像の姿は…!!

第5話　マルコによる福音書　群れし者たち、彼の名はレギオン

敵の罠にはまり囚われていた慎一。無数の注射器が慎一から血液を抜き取っていく。ロックウェル博士はそこから真理阿の血を再現し、神を復活させようとしていた…。

第6話　ローマ使徒への手紙　罪が支払う報酬

研究所の爆発から1人逃れたロックウェル博士は、ある場所へ向かう。一方、戦いを終え村に戻った慎一たちだが、そこで彼らを待ちうけていたものはなんと国防軍機甲兵士だった…。

第7話　ヨハネの黙示録　我はアルファにしてオメガ

国防軍に単身乗り込む慎一!!　しかし、凄まじい力を持った国防大臣、蝉丸に全く歯が立たなかった!!　もう終わりかと思われたその瞬間、不思議な光をまとった少年が現れる…!!

第8話　創世記　エデンの園

ノアの出現により復讐は終わり、平和が訪れると思っていた慎一たち!!　しかし神の本当の復活には、より真理阿の血に近いものが必要だった…!!

第9話　ヨハネによる福音書　一粒の麦もし死なずば

慎一の前に新たなニューマンが現れそのゆく手を阻む。亜矢可の運命は!? 亜矢可はフィッシャーマン博士の元に連れ去られてしまう。行方がわからず慎一は苛立ちを隠せず…!!

第10話　ヨハネによる黙示録　メギドの丘と呼ばれる所

愛する者を次々と奪われた慎一は、源三への復讐の炎を燃やす!! 大破壊の時に現れた2つのエネルギーが再び月から地球に近づいていた。それは神の復活を意味し、今まさにそのためのステージが作られようとしていた…!!

第11話　イザヤ書　おまえにとってあまりに清い

愛する仲間たちにされるがままの慎一。ノアは慎一を死なせずに苦しみを与え続ける!! ノアの神の力によって、慎一と融合していた動物たちが次々と彼の体から離れ襲いかかる…!!

第12話　ヨハネの黙示録　獣の刻印

ネオノアの力に屈することなく突っ込んでいく慎一!! 亜矢可の形見の真珠に導かれ、慎一の元へ行く富三郎。そこで目にしたものとは…!!

第13話　コリントの使徒への手紙　死よ、おまえの棘はどこに

ロデム、ロプロス、ポセイドン3つのしもべを従う浩一が勝つか？ バビル1世が残した「大いなる遺産」とは？ 果たして浩一はヨミを倒して世界を救うことができるのだろうか？ 少年の冒険は今、最大のクライマックスを迎える…！